Chất mùn trong phân giun loại trừ được những độc tố, nấm, và vi khuẩn có hại trong đất có thể ngăn ngừa các bệnh về rễ và đẩy lùi nhiều bệnh của cây trồng. Phân giun có tác dụng điều hòa môi trường đất rất tốt, giúp cây phát triển ngay cả khi nồng độ pH trong đất quá cao hoặc thấp. Việc nuôi giun Quế lấy phân, chính là việc áp dụng công nghệ xử lý rác thải hữu cơ bằng con giun Quế., một trong những công nghệ rẻ tiền nhất. Hiện tại phân giun Quế thường được sử dung cho các mục đích như: Kích thích sự nẩy mầm và phát triển của cây trồng; Điều hòa dinh dưỡng cải tạo đất, làm cho đất màu mỡ và tơi xốp; Dùng làm phân bón lót cho cây rau quả, tạo ra sản phẩm có chất lượn và năng suất cao; Dùng làm phân bón lá hảo hạng và kiểm soát sâu bọ hại cây trồng. Vì vậy, phân giun là loại phân sạch thiên nhiên quý giá để bón cho hoa, cây cảnh, rau quả trong nông nghiệp sạch, được thị trường rất ưa chuộng.